برای پخت این غذا از بادمجان ها شروع میکنیم، چون باید سرخ شوند و برای بهتر سرخ شدن باید خشک باشند. پوست آنها را بگیرید روی آنها نمک بپاشید و 15 دقیقه صبر کنید تا آب اضافه آن خارج شود. سپس ماهیتابه را برداشته داخل آن روغن بریزید و بگذارید تا داغ شود و شروع به سرخ کردن بادمجان ها کنید.

گوشت را به حالت چرخ شده آماده داشته باشید. پیاز، جعفری، سیر، فلفل دلمه ای را خرد کنید. پیاز باید ریز خرد شود. پیاز و سیر را در روغن سرخ کنید، سپس فلفل دلمه ای را اضافه کنید. بعد از اینکه فلفل مقداری نرم شد. گوشت چرخ شده را آنقدر تفت دهید که رنگش عوض شود. پس از اینکه رنگ گوشت تغییر کرد، جعفری که خرد کردید را اضافه کنید و تفت دهید. رب گوجه فرنگی را زمانی اضافه کنید که گوشت کمی نرم شده باشد، رب را همراه نمک و فلفل اضافه کنید، سپس شعله زیر قابلمه را پایین آورده تا آینکه آب مواد تبخیر شود.
ظرف فر را چرب کنید و شروع به چیدن بادمجان ها کف ظرف کنید یک لایه مایه گوشت روی آن بریزید و مجددا بادمجان بچینید. اینکار را آنقدر ادامه دهید که گوشت و بادمجان شما تمام شود. چون در آخر کار پنیر پیتزا باید ریخته شود بهتر است لایه ی آخر مایه گوشت باشد. بعد از اینکه کار لایه بندی تمام شد، روی آنها را با ورقه ی آلومینیوم میپوشانیم. سپس دمای فر را روی 200 درجه تنظیم کرده و ظرف را درون فر میگذاریم. نکته جالب توجه این است که پخت این غذا در دو مرحله صورت میگیرد. برای پخت اول مدت زمان لازم 30 دقیقه می باشد. 
پس از طی زمان تعیین شده مواد را بیرون بیاورید. در این هنگام باید پنیر پیتزا را روی کل مواد بریزید و به کمک قاشق پخش کنید، بعد دوباره ظرف را به مدت 20 الی 30 دقیقه درون فر قرار دهید البته این بار هیچ پوششی روی ظرف نباید قرار بگیرد. پس از آماده شدن موساکا، آن را از فر بیرون بیاورید و با نان و سالاد وسبزیجات میل کنید.